Avant de se balancer sous la coupole du grand Dôme de l’Hôtel-Dieu, le légendaire crocodile était suspendu dans la chapelle du Saint-Esprit, située sur la première pile du pont de la Guillotière. Lors de la démolition de cette chapelle, en 1772, cet animal fut transporté à l’Hôtel-Dieu. Il séjourna alors dans ce lieu jusqu’en 2010, date de fermeture de l’édifice et de déménagement de l’AGIL à l’Hôpital Edouard Herriot. 

Plusieurs légendes entourent l’origine de ce fameux crocodile. En voici l’une d’entre elles, trouvée grâce aux recherches de Jean Lacassagne⁽¹⁾ qui la considérait comme "la plus attrayante, la plus pittoresque". Il s’agit de la légende relatée en 1830 par Etienne Dagier⁽²⁾ :

 « Un crocodile est suspendu à la coupole ; et comme les regards s'y fixent avec curiosité, on sera peut-être bien aise d'en connaître l'histoire.
En 1745, cet animal amphibie avait remonté le Rhône et était parvenu jusqu'au pont de la Guillotière. Il s'était arrêté à la dernière arcade qui joint la rive gauche du fleuve, en face du faubourg. Il paraît, s'enfonce, et aussitôt qu'il aperçoit des barques, il s'élance rapidement sur elles, les renverse, et les hommes qui les montent deviennent la proie facile de sa voracité ; aussi la navigation n'offre-t-elle que des périls si certains et si imminents, qu'on est forcé d'en interrompre le cours.
L'épouvante est générale; les armes à feu ont été inutilement employées, et dès-lors plus d'espérance d'être délivré du monstre. Mais deux hommes condamnés, en expiation de leurs forfaits, à la peine capitale, vont bientôt faire renaître cette espérance : ils offrent de tuer le monstre, si toutefois leur grâce est le prix de leur victoire ; et cette offre est acceptée avec la condition qui y est attachée, malgré la répugnance qu'elle peut causer. Mais comment vont s'y prendre les deux condamnés ? Le voici : ils s'arment de longues piques, et font provision de sable très-fin. Ils montent, ainsi préparés, sur une barque ; ils voguent lentement et avec précaution, l'un tenant sa pique en arrêt, l'autre une poignée de sable : mille et mille regards empressés et inquiets les suivent dans le trajet, et les cœurs palpitent dans l'attente de l'événement. Ils arrivent enfin à la fatale pile du pont, et restent une minute en observation. L'agitation de l'eau annonce le combat : déjà le monstre a tracé des sillons ; il s'avance, se dresse et se dispose à attaquer la barque, lorsque l'un des combattants lui jette aux yeux sa poignée de sable, tandis que l'autre lui porte un premier coup de lance. L'animal devient furieux, sa proie lui échappe, il ne la voit plus ; son attitude est chancelante, sa marche irrégulière, ses efforts ridicules et inutiles ; il cherche un point d'appui pour se débarrasser de la matière qui cause sa soudaine cécité ; et ce point d'appui est la pile qui lui sert de retraite : il grimpe hardiment à la partie supérieure, et y fait toutes sortes de mouvements qui manifestent ses souffrances et son inquiétude : pendant ce temps les piques des deux combattants le percent en plusieurs endroits et lui arrachent enfin la vie, aux applaudissements d'une foule innombrable de spectateurs. Sa dépouille est suspendue à la voûte de la chapelle du St-Esprit, et ensuite à la coupole du dôme de l’Hôtel-Dieu. »

(1) Le Crocodile. Association Générale de l’Internat des Hospices Civils de Lyon. Mai-Juin 1924 - n°1. Lyon.
(2) DAGIER, Etienne. Histoire chronologique de l'Hôpital Général et Grand Hôtel-Dieu de Lyon. Tome II. Lyon : Rusand, 1830. 551 p.