Les activités de l'AGIL s'orientent autour de plusieurs offres proposées aux membres de l'association :
- la Bibliothèque Scientifique de l'Internat, avec son fonds ancien d'ouvrages et de revues,
- les aides à la publication scientifique : ateliers de rédaction médicale, aides financières (traduction, statistiques), recherches bibliographiques,
- le PAPA (Parcours d'Aide à la Publication de l'AGIL) : accompagnement méthodologique et financier pour la réalisation des thèses et travaux des internes lyonnais,
- l'annuaire des anciens internes,
- Le Crocodile, bulletin de liaison de l'association depuis 1924,
- la liste de diffusion, pour maintenir le contact entre l'association et ses adhérents,
- la lettre d'information "L'AGIL Communique" : veille hebdomadaire sur l'actualité médicale,
- le groupe privé Facebook : groupe de discussion et d'échange exclusivement réservé aux anciens internes de Lyon,
- le Prix d'Excellence de l'Internat de Lyon, décerné à un interne réalisant un travail de recherche clinique.