Regroupant les Internes en exercice, les Chefs de Clinique Assistants et les Anciens Internes, l'Association Générale de l'Internat des Hospices Civils de Lyon (ou AGIL) a pour objectifs de défendre l'Internat et de resserrer les liens entre toutes les générations.

Les activités de l’AGIL se sont ainsi développées au fil du temps et des besoins de ses membres. Depuis de nombreuses années, l’AGIL a ainsi pour mission, en coopération avec le Syndicat Autonome des Internes des Hôpitaux de Lyon (SAIHL) et le Syndicat Autonome des Chefs de Clinique Assistants de Lyon (SACCAL) devenu Jeunes Médecins Auvergne-Rhône-Alpes, de gérer la Bibliothèque Scientifique de l’Internat. En complément de cette activité, l’AGIL propose à ses membres plusieurs offres d’aide à la publication scientifique (ateliers de rédaction médicale, aides financières), un accompagnement pour les thèses des Internes (Parcours d'Aide à la Publication de l'AGIL) ainsi qu’un service de recherche bibliographique. L'AGIL a également géré jusqu'en 2018 le prix Bouchut pour récompenser les travaux de recherche clinique réalisés par des Internes de Lyon en exercice. Depuis 2020, le prix Bouchut a été remplacé par le Prix d'Excellence de l'Internat de Lyon.

L’AGIL s’efforce également d'entretenir la vie associative de l'Internat grâce à la tenue d’un Annuaire de l'Internat, la publication d’un bulletin de liaison (Le Crocodile), ou encore l’organisation d'évènements telle la Revue des anciens internes. Tous les membres de l’AGIL reçoivent d’autre part, grâce à une liste de diffusion, des informations issues d’une veille documentaire réalisée sur des thèmes d’actualité. Cela se traduit par l’envoi d’une lettre d'information hebdomadaire (L’AGIL communique). L'AGIL diversifie ses outils numériques en étant présente sur les réseaux sociaux avec notamment un groupe privé Facebook, exclusivement réservé aux Anciens Internes de Lyon, pour favoriser échanges et discussions entre toutes les générations.